Hier eine Zusammenfassung der Kirchengeschichte der Region:

Römisch-Katholische Kirche

Vor Bonifatius missionierten iroschottische Missionare wenig koordiniert die Bevölkerung der Region. Dies ist der Zeitraum, in welchem die drei Frankenapostel Kilian, Kolonat und Totnan wirkten. Noch heute sind viele Kirchen der Region dem Hl. Kilian geweiht. Im Landkreis Hildburghausen gibt es auch einen Ort namens St. Kilian.
Einige St. Ottilien Kirchen und Kapellen in der Region können eventuell als historische Verbindung an den Rhein gewertet werden.
Bonifatius kann und muss als Missionar u.a. des historischen Franken und des historischen Thüringen bezeichnet werden.
Ab 742 und bis 1994 gehörte die Region zum Bistum Würzburg. Hier gehörte die Region zu den Landkapiteln Geisa, Mellrichstadt und Coburg.Kurzzeitig, für gut 10 Jahre, gab es nördlich des Rennsteigs ein Bistum Erfurt. Danach war dort das Erzbistum Mainz wieder direkt zuständig gewesen.
Lediglich die Orte Heinersdorf und Schierschnitz (beide Gemeinde Föritztal, Landkreis Sonneberg) gehörten kirchlich später zum 1007 gegründeten Bistum Bamberg.
Das Kloster Fulda hatte im Frühmittelalter umfangreiche Besitzungen in der Region. Eine Schenkung Karls des Großen an den Hersfelder Abt Lullus im Jahr 775 hatte eine fast zu 100% strikte Aufteilung der Besitzungen der beiden Klöster zwischen Franken und Thüringen zur Folge, so dass man für die Zeit danach sagen kann, dass Fulda für Franken und Hersfeld für Thüringen zuständig war.
1542 gab es einen größeren Gebietstausch zwischen der Grafschaft Henneberg und dem Hochstift Würzburg. Erst dadurch kam u.a. Meiningen zur Grafschaft Henneberg.
1752 wurde das Bistum Fulda neu gegründet. Der westliche Bad Salzunger Raum (Geisa und Vacha) gehört bis heute dazu.
1994 wurde der größte Teil der Region dem neu gegründeten Bistum Erfurt und dort dem Dekanat Meiningen zugeordnet.

Aktuelle römisch-katholische Pfarrgemeinden der Region im Dekanat Meiningen des Bistums Erfurt:

Bad Salzungen (einschließlich Bad Liebenstein)
Meiningen (einschließlich Schmalkalden, Suhl und Wolfmannshausen – seit 2021)
Sonneberg (einschließlich Hildburghausen – seit 2021)

Unabhängig von der geistlichen bzw. seelsorgerischen Zuständigkeit des Bistums Würzburg hatte das Hochstift Bamberg weltlichen Besitz und großen Einfluss in der Region. So ist u.a. die Gründung von Kloster Veßra auf die Bamberger Bischöfe zurück zu führen. Das bambergische Kloster Langheim hatte bis ins 19. Jahrhundert etlichen Streubesitz und weitere Rechte im Bereich der Pflege Coburg (einschließlich Hildburghausen und Sonneberg).

Evangelische Kirche

In der Evangelischen Kirche waren bis zum Ende der Monarchie die Landesherren zugleich die Kirchenoberhäupter gewesen, was einen entscheiden und erheblichen Unterschied zur Römisch-Katholischen Kirche darstellt.

In den kursächsischen Ortslande zu Franken der Pflege Coburg wurde recht schnell die neue Lehre angenommen. Martin Luther und seine engsten Vertrauten hatte viele persönliche Kontakte und Verbindungen in die Region.
Schmalkalden (seit 1360 Kondominium) hatte nach der Reformationen für kurze Zeit Religionsfreiheit, da die Hessischen Landgrafen recht schnell lutherisch wurden, die Henneberger Grafen jedoch vermutlich aus politischem Kalkül heraus noch damit zögerten. Das mag ein Grund für Schmalkalden als Tagungsort des Schmalkaldischen Bundes gewesen sein.
1544/1545 übernahmen die beiden damaligen Henneberger Grafschaften die Reformation.
Für das Zustandekommen des Kahlaer Vertrages 1554, eines Erbvertrages mit den Wettinern, kann als eine Hauptursache die Übernahme der Reformation in der Grafschaft Henneberg angenommen werden. Damit entzweiten sich die Henneberger Grafen von den Würzburger Bischöfen.

Die Region gehört heute nahezu vollständig zur Evangelischen Kirche in Mitteldeutschland und hier (einschließlich Rudolstadt-Saalfeld – siehe zuletzt Sachsen-Meiningen – und Arnstadt-Ilmenau – siehe zuletzt DDR-Bezirk Suhl) zum Probstsprengel Meiningen-Suhl.

Lediglich Schmalkalden gehört heute zur Evangelischen Kirche von Kurhessen-Waldeck.