Das Hochstift Würzburg hatte bis zu einem Gebietstausch mit der Grafschaft Henneberg 1542 größeren Besitz in der Region, danach noch kleinere Besitzungen und verschiedene weitere Rechte. Mit dem Ende des Alten Reiches 1806 bekam das Großherzogtum Würzburg als Nachfolger des Hochstifts die Landesherrschaft über viele ehemals reichsritterschaftliche Besitzungen. Die nachfolgende Liste ist geografisch sortiert.

• Vor 1389 gehörten Amt und Schloß Frankenberg bei Helmers zum Hochstift Würzburg.
• Friedelshausen im Amt Wasungen gehörte im 13. und 14. Jhd. zum Hochstift Würzburg.
• Oberkatz im Amt Samt gehörte im 13. und 14. Jhd. zum Hochstift Würzburg.
• Von 1008 bis 1542 gehörte das Amt Meiningen zum Hochstift Würzburg. Es umfasst neben Meiningen die Orte Bachdorf, Leutersdorf, Queienfeld, Helba, Johannisberg, Welkershausen, Walldorf und Breuberg.
• Um Meiningen waren einzelne Wustungen teilweise bis 1808 im Besitz des Hochstifts Würzburg gewesen: Defertshausen, Habichtsburg und Schloss Landsberg.
• Walldorf war nach 1608 für einige Zeit und dann von 1806 bis 1808 noch einmal im Besitz des Hochstifts Würzburg gewesen.
• Herpf gelangte 1230 über das Hochstift Würzburg in den Besitz der Abtei Fulda.
• Vom 15. Jhd. bis 1808 gehörten Schloss Hestenhof und Jüchsen zum Hochstift Würzburg.
• Den Fischzehnten am See in Hermannsfeld besaß das Hochstift Würzburg von 1803 bis 1808.
• 1251 kam Neumühle bei Sülzfeld an das Hochstift Würburg.
• Bitthausen bei Belrieth und kleine Besitzungen in Belrieth gehörten vor 1169 zum Hochstift Würzburg.
• Bereits ab 883 hatte das Hochstift Würzburg Besitz in der Vachdorfer Flur.
• Vor 1812 besaß das Hochstift Würzburg einige Zehnten in Neubrunn.
• Von 1806 bis 1808 gehörten Bibra und Bauerbach dem Hochstift Würzburg.
• Schwickershausen gehörte zeitweise teilweise dem Hochstift Würzburg.
• Von 941, mit Unterbrechungen, bis 1808 gehörte Nordheim dem Hochstift Würzburg.
• Das Hochstift Würzburg hatte an Berkach lange Zeit Teil- und von 1807 bis 1808 kurzzeitig Vollbesitz.
• In Römhild, Milz, Eicha, Haina, Schwabhausen bei Westenfeld, Linden, Gleichamberg und Gleicherwiesen hatte das Hochstift Würzburg teilweise bis 1808 Einnahmequellen aus den Kirchen und Stiften und Besitzrechte.
• In Sieholz bei Marisfeld hatte das Hochstift Würzburg Besitz.
• Grimmelshausen gehörte ab 1345 zum Hochstift Würzburg, bis 1137 schon Dörfles in der Nähe.
• An der St. Lorenzkirche in Hildburghausen hatte das Hochstift Würzburg Einnahmequellen.
• Das Kloster Veilsdorf war teilweise im Besitz des Hochstifts Würzburg gewesen.
• Bedheim, Schweickershausen und Hummelstadt waren teilweise würzburgischer Besitz gewesen.
• Zahlreiche heute in Unterfranken gelegene Orte des Amtes Heldburg kamen 1354 ans Hochstift Würzburg.
• Das halbe Rittergut Gompertshausen gehörte vor 1806 dem Hochstift Würzburg.
• Von 1778 bis 1812 hatte das Hochstift Würzburg Einnahmequellen in Käßlitz.
• Würzburgischen Teilbesitz gab es auch in Ummerstadt.
• In Eisfeld hatte das Hochstift Würzburg Einnahmequellen an der Kirche.
• In Oberneubrunn hatte das Hochstift Würzburg kleinen Teilbesitz.
• Die Kirche von Mupperg war vor 1069 würzburgischer Besitz.